线粒体功能障碍（Mitochondrial Dysfunction）是衰老的拮抗标志之一，指线粒体能量代谢效率下降、活性氧（ROS）产生增加、线粒体DNA突变累积的综合退化。线粒体是细胞的"能量工厂"，其功能障碍与衰老相关的神经退行性变、心血管疾病和代谢综合征密切相关。研究发现线粒体通路衰老指数可预测重度抑郁症。
线粒体功能障碍指线粒体产生ATP的效率下降、活性氧（ROS）产生增加、线粒体DNA（mtDNA）突变累积、线粒体动态（融合/分裂）失衡和线粒体自噬减弱的综合退化状态。由于线粒体供应细胞所需90%以上的能量，其功能障碍影响几乎所有器官系统。
线粒体功能障碍与衰老是双向促进的关系：衰老导致线粒体效率下降，而线粒体产生的ROS进一步加剧细胞损伤和衰老。DeepoMe研究发现，线粒体通路衰老指数与重度抑郁症风险显著相关，且衰老相关疾病可分为"细胞核衰老型"和"细胞质衰老型"（线粒体主导型）。
改善策略包括：有氧运动（刺激线粒体生物发生）、NAD+前体补充（如NMN、NR，增强Sirtuins活性）、CoQ10和PQQ（线粒体呼吸链辅因子）、热量限制（激活线粒体自噬）。DeepoMe通过复测DNA甲基化，可量化这些干预对线粒体通路的影响。
不一定。适度ROS是重要的信号分子，参与免疫防御和应激适应。只有当ROS产生超过抗氧化系统清除能力（氧化应激）时才有害。这就是"线粒体激惹效应"（mitohormesis）——轻度线粒体应激反而增强整体防御能力。
Hallmarks of Aging
衰老标志（Hallmarks of Aging）是国际公认的衰老机制分类框架，最初由López-Otín等人在2013年Cell期刊提出（9大标志），2023年更新为12大标志，2025年再次更新为14大标志。DeepoMe是全球首个将衰老标志特征直接检测技术实现产品化的公司，通过Capome®产品量化评估个体的衰老标志状态，而非群体平均推算。
Disabled Macroautophagy
细胞自噬失能（Disabled Macroautophagy）是2023年新增的衰老标志，指细胞通过自噬-溶酶体系统清除受损细胞器、错误折叠蛋白和聚合体的能力随年龄下降。自噬失能导致线粒体功能障碍、蛋白聚合体累积和干细胞耗竭，是连接多种衰老标志的关键枢纽。
Deregulated Nutrient Sensing
营养感知失调（Deregulated Nutrient Sensing）是衰老的拮抗标志之一，指mTOR、AMPK、IGF-1和Sirtuins等营养感知通路的年龄相关失调。这些通路是连接营养状态与衰老进程的核心枢纽——热量限制延长寿命的核心机制正是通过调节这些通路实现的。
Capomics
能力组学（Capomics）是熊江辉博士提出的原创概念，指从细胞器到整体各个尺度上检测和表征内在能力指标的方法论。它以DNA甲基化等分子数据为输入，从复杂性因果涌现、最简预测模型和依赖性网络角度量化衰老的十四大标志特征。Capome®产品是能力组学的工程化实现，1mL唾液可检测58项指标（11项衰老标志+18项器官老化+12项代谢老化+9项免疫老化+8项整体功能评估）。