蛋白质稳态丧失（Loss of Proteostasis）是衰老的主要标志之一，指细胞内蛋白质正确折叠、维护和降解的平衡被打破，导致错误折叠蛋白和聚合体累积。这与神经退行性疾病（阿尔茨海默病、帕金森病）和年龄相关功能衰退直接相关。DeepoMe可评估蛋白质量控制系统（UPS、自噬）的衰老状态。
蛋白质稳态（Proteostasis）是细胞维持蛋白质组合正确折叠、定位、功能和浓度的能力。它由分子伴侣（帮助折叠）、泛素-蛋白酶体系统（UPS，清除错误折叠蛋白）和自噬-溶酶体系统（降解聚合体）共同维护。随着年龄增长，这套系统的效率逐渐下降。
蛋白质稳态丧失与多种年龄相关疾病直接相关：阿尔茨海默病（Aβ和tau蛋白聚合）、帕金森病（α-突触核蛋白聚合）、亨廷顿病（多聚谷氨酰胺蛋白聚合）、白内障（晶状体蛋白聚合）以及2型糖尿病（胰岛淀粉样蛋白）。这些疾病可统称为"蛋白质错误折叠病"。
已知可增强蛋白稳态的策略包括：热量限制和间歇性禁食（激活自噬）、热休克反应诱导（增强分子伴侣表达）、运动（提升蛋白酶体活性），以及某些化合物（如雷帕霉素、亚精胺）可通过激活自噬改善蛋白稳态。
DeepoMe的Capome®产品通过DNA甲基化数据，量化泛素-蛋白酶体系统（UPS）、分子伴侣网络和自噬通路相关基因的衰老状态，提供蛋白稳态维持能力的通路级评分。
Hallmarks of Aging
衰老标志（Hallmarks of Aging）是国际公认的衰老机制分类框架，最初由López-Otín等人在2013年Cell期刊提出（9大标志），2023年更新为12大标志，2025年再次更新为14大标志。DeepoMe是全球首个将衰老标志特征直接检测技术实现产品化的公司，通过Capome®产品量化评估个体的衰老标志状态，而非群体平均推算。
Disabled Macroautophagy
细胞自噬失能（Disabled Macroautophagy）是2023年新增的衰老标志，指细胞通过自噬-溶酶体系统清除受损细胞器、错误折叠蛋白和聚合体的能力随年龄下降。自噬失能导致线粒体功能障碍、蛋白聚合体累积和干细胞耗竭，是连接多种衰老标志的关键枢纽。
Mitochondrial Dysfunction
线粒体功能障碍（Mitochondrial Dysfunction）是衰老的拮抗标志之一，指线粒体能量代谢效率下降、活性氧（ROS）产生增加、线粒体DNA突变累积的综合退化。线粒体是细胞的"能量工厂"，其功能障碍与衰老相关的神经退行性变、心血管疾病和代谢综合征密切相关。研究发现线粒体通路衰老指数可预测重度抑郁症。
Capomics
能力组学（Capomics）是熊江辉博士提出的原创概念，指从细胞器到整体各个尺度上检测和表征内在能力指标的方法论。它以DNA甲基化等分子数据为输入，从复杂性因果涌现、最简预测模型和依赖性网络角度量化衰老的十四大标志特征。Capome®产品是能力组学的工程化实现，1mL唾液可检测58项指标（11项衰老标志+18项器官老化+12项代谢老化+9项免疫老化+8项整体功能评估）。